<mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
<mml:semantics> <mml:mrow> <mml:mtext>%&#160;identity</mml:mtext>
<mml:mo>=</mml:mo>
<mml:mfrac> <mml:mtable> <mml:mtr> <mml:mtd> <mml:mtext>#&#160;of&#160;alignment&#160;columns</mml:mtext>
</mml:mtd>
</mml:mtr>
<mml:mtr> <mml:mtd> <mml:mtext>with&#160;matching&#160;nucleotides</mml:mtext>
</mml:mtd>
</mml:mtr>
</mml:mtable>
<mml:mtable> <mml:mtr> <mml:mtd> <mml:mtext>total&#160;#&#160;of&#160;alignment&#160;columns</mml:mtext>
</mml:mtd>
</mml:mtr>
<mml:mtr> <mml:mtd> <mml:mtext>(including&#160;columns&#160;with&#160;gaps)</mml:mtext>
</mml:mtd>
</mml:mtr>
</mml:mtable>
</mml:mfrac>
<mml:mtext>&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;</mml:mtext>
<mml:mo stretchy="false">[</mml:mo>
<mml:mtext>eq</mml:mtext>
<mml:mo>.</mml:mo>
<mml:mtext>&#160;7]</mml:mtext>
</mml:mrow>
</mml:semantics>
</mml:math>