Table 2

The FS methods sorted by the AUC metric achieved in validation test for each neuromuscular disease using the RF classifier
FS methods 5-CV Hold-out Validation
AUC TNR TPR AUC TNR TPR
ALS mAP-KL 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 0.98 (0.14) 1.00 1.00 1.00
BGA-COA 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 1.00 1.00
cat 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 1.00 1.00
eBayes 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 1.00 1.00
maxT 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 1.00 1.00
maxT (200) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 1.00 1.00
ODP 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 1.00 1.00
PCA 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 1.00 1.00
PLS-CV 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 1.00 1.00
SAM 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 1.00 1.00
SNR 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 1.00 1.00
t-test 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 1.00 1.00
RF-MDA 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 0.93 (0.25) 1.00 1.00 1.00
Rnd 1.00 (0.00) 1.00 (0.01) 1.00 (0.00) 0.99 0.92 0.97
HykGene 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 0.64 0.42 0.67
DMD mAP-KL 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 0.91 1.00
BGA-COA 0.98 (0.14) 0.85 (0.32) 1.00 (0.00) 1.00 1.00 1.00
cat 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 1.00 1.00
eBayes 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 0.91 1.00
HykGene 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 1.00 1.00
maxT 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 1.00 1.00
maxT (200) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 1.00 1.00
ODP 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 1.00 1.00
PLS-CV 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 1.00 1.00
RF-MDA 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 0.99 (0.07) 1.00 1.00 1.00
SAM 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 1.00 1.00
SNR 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 1.00 1.00
t-test 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 1.00 1.00
Rnd 1.00 (0.00) 0.99 (0.04) 1.00 (0.00) 0.99 0.96 0.93
PCA 0.48 (0.42) 0.48 (0.46) 0.41 (0.45) 0.61 0.55 0.67
JDM mAP-KL 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 1.00 1.00
HykGene 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 0.95 (0.15) 1.00 1.00 1.00
maxT 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 1.00 1.00
maxT (200) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 1.00 1.00
PCA 0.90 (0.19) 0.77 (0.31) 0.73 (0.32) 1.00 1.00 1.00
PLS-CV 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 1.00 1.00
RF-MDA 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 1.00 1.00
SAM 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 1.00 1.00
t-test 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 1.00 1.00
BGA-COA 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 0.88 1.00
eBayes 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 0.88 1.00
ODP 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 0.88 1.00
SNR 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 0.88 1.00
cat 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 0.88 1.00
Rnd 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 0.99 (0.03) 1.00 0.99 0.98
LGMD2A FS methods 5-CV Hold-out Validation
AUC TNR TPR AUC TNR TPR
mAP-KL 1.00 (0.00) 0.87 (0.30) 1.00 (0.00) 1.00 1.00 1.00
BGA-COA 1.00 (0.00) 0.96 (0.17) 1.00 (0.00) 1.00 1.00 1.00
maxT (200) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 1.00 1.00
PLS-CV 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 0.91 1.00
ODP 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 0.73 1.00
RF-MDA 1.00 (0.00) 0.98 (0.10) 1.00 (0.00) 1.00 0.73 1.00
SAM 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 0.64 1.00
cat 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 0.64 1.00
t-test 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 0.64 1.00
eBayes 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 0.36 1.00
HykGene 1.00 (0.00) 0.97 (0.12) 0.98 (0.10) 0.94 0.45 1.00
maxT 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 0.94 0.45 1.00
SNR 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 0.94 0.73 1.00
Rnd 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 0.89 0.70 0.93
PCA 0.83 (0.30) 0.61 (0.43) 0.77 (0.39) 0.58 0.27 1.00
LGMD2B RF-MDA 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 0.73 1.00
maxT (200) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 0.64 1.00
PLS-CV 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 0.55 1.00
BGA-COA 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 0.98 0.73 1.00
maxT 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 0.91 0.64 1.00
Rnd 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 0.90 0.56 1.00
SNR 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 0.88 0.73 1.00
HykGene 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 0.82 0.64 1.00
t-test 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 0.82 0.73 0.67
ODP 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 0.73 0.45 1.00
mAP-KL 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 0.70 0.36 0.67
SAM 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 0.52 0.27 1.00
eBayes 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 0.48 0.27 0.67
cat 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 0.36 0.09 1.00
PCA 0.89 (0.25) 0.74 (0.38) 0.61 (0.44) 0.21 0.09 1.00
NM SNR 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 0.90 0.77 1.00
t-test 1.00 (0.00) 0.98 (0.10) 1.00 (0.00) 0.89 0.77 0.80
HykGene 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 0.99 (0.07) 0.88 0.69 0.80
maxT (200) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 0.80 0.69 0.80
cat 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 0.99 (0.07) 0.78 0.46 1.00
mAP-KL 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 0.74 0.69 0.60
Rnd 0.98 (0.03) 0.87 (0.09) 0.96 (0.06) 0.67 0.49 0.76
SAM 1.00 (0.00) 0.87 (0.28) 0.98 (0.10) 0.65 0.15 1.00
PCA 0.82 (0.30) 0.77 (0.35) 0.73 (0.39) 0.55 0.92 0.40
BGA-COA 0.96 (0.14) 0.87 (0.28) 0.91 (0.19) 0.47 0.23 0.60
PLS-CV 0.97 (0.12) 0.87 (0.28) 0.99 (0.07) 0.42 0.08 1.00
maxT 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 0.37 0.38 0.40
ODP 1.00 (0.00) 0.92 (0.23) 1.00 (0.00) 0.25 0.38 0.20
RF-MDA 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 1.00 (0.00) 0.22 0.15 0.60
eBayes - - - - - -

Sakellariou et al.

Sakellariou et al. BMC Bioinformatics 2012 13:270   doi:10.1186/1471-2105-13-270

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