Table 3

Nucleotide distribution in designed sequences
Paired Unpaired Total
GC AU GU A C G U A C G U
Original data 0.57 0.30 0.13 0.30 0.20 0.23 0.27 0.23 0.24 0.28 0.24
Frnakenstein 0.55 0.36 0.09 0.32 0.31 0.09 0.29 0.25 0.29 0.19 0.26
MODENA 0.82 0.18 0 0.82 0.06 0.06 0.06 0.48 0.22 0.22 0.07
INFO-RNA 0.93 0.06 0.01 0.36 0.22 0.20 0.22 0.19 0.35 0.32 0.14
RNA-SSD 0.56 0.44 0 0.32 0.24 0.19 0.25 0.27 0.26 0.24 0.23
RNAInverse 0.46 0.41 0.14 0.29 0.25 0.21 0.25 0.23 0.24 0.26 0.26
NUPACK 0.73 0.27 0 0.42 0.26 0.09 0.22 0.28 0.31 0.22 0.18
Inv 0.32 0.39 0.28 0.30 0.26 0.22 0.22 0.20 0.21 0.30 0.29

Comparison of the nucleotide distributions of the successfully designed sequences from different methods on the Rfam dataset, with distribution observed across the original sequences from Rfam shown in the first row.

Lyngsø et al.

Lyngsø et al. BMC Bioinformatics 2012 13:260   doi:10.1186/1471-2105-13-260

Open Data